Храм возведен в микрорайоне Потылиха в память об утраченной одноименной церкви, которая действовала в этих местах в конце XIX — начале XX века. Инициатива принадлежала прихожанам храма Святой Троицы в Троицком-Голенищеве.
В общем деле храмостроительства участвовали сами прихожане, среди которых были архитекторы, иконописцы. Они организовали художественный совет храма, который на благотворительной основе вел авторский надзор, а также имел возможность вносить предложения, связанные с улучшением проектных решений. В совет вошли такие известные деятели искусства, как художник-иконописец Алексей Вронский и реставратор Павел Сергеев, а также главный архитектор проекта Владимир Королев.
В процессе строительства Павел Сергеев разработал проект декоративной резной кирпичной кладки, которая сегодня украшает фасады храма и делает его уникальным произведением русской архитектуры.
Алексею Вронскому, опытному художнику, который расписывал храмы и монастыри по всему миру, в частности, был руководителем и автором проектов в Даниловом монастыре в Москве, доверено создание иконостаса.
Когда храм был построен, на художественном совете было решено отказаться от обмазки, очистить фасады от высолов и оставить в кирпиче. Таким образом была подчеркнута красота и оригинальность архитектуры. Планируется также, что фасады храма будут украшены изразцами.
На приходе равноапостольной Марии Магдалины уже несколько лет действует воскресная школа для маленьких детей. Организован молодежный хор, раз в месяц ребята пробуют свои силы за богослужением. Активно ведется сбор гуманитарной помощи для беженцев.
В планах — создать православную гимназию для девочек, такое решение вызвано тем, что исторически в этом районе действовал домовый храм при Московском сиротском Николаевском институте (в честь Николая I), где учились девочки-сироты. Основательницей института являлась императрица Мария Федоровна, супруга Павла I и мать Николая I. Здесь, на берегу Москвы-реки, была выстроена дача для девочек-сирот. А при ней на средства одного купца — домовый храм в честь равноапостольной Марии Магдалины.